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Solanum lycopersicum gene Solyc06g048960.2

Gene

Name Solyc06g048960.2	Type Gene	Organism Solanum lycopersicum
Synonyms / aliases Solyc06g048960	Length 12,485

Description

Ribonuclease 3-like protein 3 (AHRD V1 *-** RTL3_ORYSJ); contains Interpro domain(s) IPR000999 Ribonuclease III

Location(s)

SL2.50ch06:32061372..32073856

GFF source

ITAG_eugene

From BOGAS: 1

Length: 12485

Genome Viewer

Related features

Features that are parts of this gene

Type	Name	Location	Length	Strand	Phase
mRNA	Solyc06g048960.2.1	SL2.50ch06:32061372..32073856	4,437	-	n/a

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Genomic sequence

unprocessed genomic sequence region underlying this gene

>Solyc06g048960.2 SL2.50ch06:32073856..32061372 (sequence from reverse strand)
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Get flanking sequences on SL2.50ch06

mRNA Solyc06g048960.2.1

Ontology terms

terms associated with this mRNA

GO:0005515 – protein binding
GO:0004540 – ribonuclease activity

cDNA sequence

spliced cDNA sequence, including UTRs

>Solyc06g048960.2.1 Ribonuclease 3-like protein 3 (AHRD V1 *-** RTL3_ORYSJ); contains Interpro domain(s) IPR000999 Ribonuclease III
CTTCACTAATGAACACTCAAAAGCTGCTGGCAAACATCCTCTTCAAAGTTCTTGCAATTCAACTCTAGCCAATAAAAACCAATGGAGCCAACTGATGTTGCAGTCTCTGAAAACCAACAGCTCTCCGCTGACCCTCTGCCTTTTGCTAGAAGGTTGTTATCAGTTGGAAGCCCTAGAGACTGCATTAAAGCAGAACACAATTGTTTACTTGGAGACTGGTTCTGGAAAGACCTTGATTGCAATTATGCTTCTTAGAAGCTATGCTTACCTTCTTCGAAAGCCATCTCCGTACATAGCTGTTTTCTTGGTCCCGACTGTTGTTCTAGTGACTCAGCAAGGAGATTCTCTCATGATGCATACAGACTTAAAAGTGGGCAAGTATTGGGGAGAAATGGGTGTTGATTATTGGGATGCTGCTACATGGCAACGCCAAGTGGACGCCCATGAGGTACTGGTTATGACTCCAGCAATACTACTTGCTGCTTTGAGGCATAGCTTTATACAAATAAACATGATTAAAGTTATAATATTTGATGAGTGCCATAATGCACGAGGCAAACACCCCTATGCCAGCATAATGATGGAATTTTATCATCGCCAGTTAACCCGTCAGAGCTTACAACTTCCAAGAGTATTTGGGATGACTGCTTCCCCTATAAAGTCTAAAGGTTCTAGCACAGCAGATAGTTATTGGCAAAAGATTCGTGATCTTGAGAATCTTATGAATTCCAAGGTATACACGTGTGGCAGTGAATCTGTTCTGGCGGAGTATATCCCATTCTCTAATCCGAAGTTGAAGATATACAAACATGTGGATATTCCTTGCACATTGTTTCTTAGTTTAGCTCATGACCTGGAACAGTTGAAAGAAATGCATGATTGTTCAATTTCAAAGTCAAACCTGTCTTTTATGAGTGCTGGAACTGCAAGAAGACGTTTGTCAAAACTTTATTCGGCTTTCTTATTTTGTTTGAGTGAGATGGGTGCTTGGCTGGCTTTCAAGGCTACTGAGTTCTTGTCCCGTGAAGAAGTTGATTTCCTTTCATGGGGAGAATTAGATGTATGTGCTCAAACTATTGTTAGAGATTTCAGTTGGGGTGCATCTAAGATTTTTTCGGCTCGCTTACCTTCAGGGCCATATTGGTCAATTGGTGGTGATATTCAGGCAAATGTGGATGCTGGATATTTGTCATCCAAAGTTACTTGTCTTCTAGAGTCTCTTCTTGAGTACAGGGACCAGAAGGATTTGAGATGCATCATATTTGTTGAGAGAATTATTACAGCCATTGTTCTTCGGTCTCTATTGAATGAGTTGCTTCCGGAACTATGTGGTTGGAGAACTGAGTACACTGCAGGACATATTTCTGTGGTCCAGTCACAGAGTAGGAAATTACAAAACAAAATTGTTGAAGAATTTCGCAAGGGGTTGGTGAACATTATTGTAGCAACATCTATTCTTGAAGAGGGCTTGGATGTTCAAAGTTGCAACCTTGTCATTCGATTTGATCCCTCAGCTACTGTTTGTAGCTTTATACAGTCACGTGGACGAGCTCGAATGCAAAACTCTGACTTTCTTCTGATGGTCAGAAGTGGGGATGATTCGACCCTCACTCGCATGCACAACTATATGGCTAGTGGAGAGATAATGCGACAAGAATCATTATGTCATGCTTCTATTCCATGTTCACCTCTAGATGATGAATTGTATGATGAGCCTTGCTACAAAGTTGAAAGCACAGGAGCAATTGTCACCCTCAGTTCTAGCGTGTCATTGTTATACTTATATTGCTCAAGGCTACCATCGGATGGGTACTTTAAACCCAATCCTAGGTGTGTGATTGATAAGGAAACAGGAACCTGCACGCTGCAACTTCCCAAAAGTTGCCCTTTGCAAAGAATTATTAGTGTACAGGGGAATAGCAAAATATCAAAGCAACTTGCATGCCTGGAGGCTTGTAAAGAACTTCATCGTGTGGGTGCCTTGACTGACAATCTTGTTCCTGATATCATGGAAGAAGAAACCATCAACAAAGAATTGGAATGTCAAATCCATACTGTTGAAGAATTAAAATACTTTCCACCAGAATTGGTTAGTCATTGCGGCAATGATTCAGAAGCAGTGTACTACTGCTACCTAGTTGAGTTGCAACATGACGCTTGCAACGATTTCCAGCTTCATGGAATTATACTTGCTGTTAGGACAAGGCTTAAGTTTGATGATGAAATAATGGCATTTGACTTGGACATAGATAGGAGGGGACGCTTACAAGTTCAACTTAATTATCACAACGTTGTTACACTTACTTCTGAAGAGATTCAACGGTGTCGGAGGTTTCAATCCAGCATCTTCAGAATTCTTCTTGACCGTGATCTGAGTAAACTGCAGGGCGCTTTGGCTGCAGTTCAATCGCCTATTGGTTCTGCAGTTTCTGATTATCTTTTGCTCCCATCTTTGGGTACTACACCTGAAATAAATTGGAAATGTGTGAATTCTTTACTGTTTCCATCTCAAGCTCTTGAGGCTAAGCATATGGATTGCTGTTCTACACAAGGTCGCAAACGCAGTGTTAGCACCAAAACTGGGGTGATATGTAGCTGCATGTTGGAGAACTCATTGGTCTTTACTCCTCATAATGGCCATATATACTGCATTACTGGTTTTTTGGATAATTTGGATTGCAACTCATTGTTGGATACGAGAACTGGAGAACCCATTACCTACATAGAATACTACAAAAAGCGACATGGGATTAACATATGCTTTGAAGAAGAACCGCTTCTTAGGGGAAAACATATTTGTAAGGTGCACAATTACCTTCAAAGATGCAGAATACAGAAGGCTAAAGATTCAACTGATTCATCTGTGGAGTTGCCTCCTGAACTTTGTTCCCTCATCATGTCACCCGTCTCTATTTCTACCCTTAATACCTATTCATATGTTCCTTCGATCATGCATCGGATTGAGTCCTTGGTTATGGCCTTAAACTTGAAAAGAATGCATTTGGATCACTGCACACTAGATATTTTTATTCCGACCATTAAGGTTTTGGAAGCAGTGACAACGAAGAAATGCCTCGAGAAGTTTCATCTGGAGTCACTTGAGACACTTGGAGACTCTTTTCTCAAATATGCTTCCAGTATACAGCTATTTAAGACTTACGAAAATCATCATGAGGGTCTTCTCACCATTAAGAAAAACAAAATCATTTCCAATGATGCACTATGTAGGCTTGGATGTGCTCGTAAAATACCGGGATTTATCCGTAATGAACCATTTGATCTTAAAGCATGGCTCATTCCTGGTGATAATTCTCAAATTCAAACCTTCGACGAAGAGTTCCTAACTTCTTCTGATAAAATGTATAGTAGAGGAAAACAGAAGTTTAGAAGTAAGAGAGTAGCTGATGTTGTTGAGGCACTAATTGGTGCCTACCTCAGCTCAGGTGGGGAAGTAGCGGCTTTATCATTTATGAAATGGCTTGGGGTGGACATCGATTTTGTTGATGCACCTTTGCCAAGGAACTTTCCCATGAATGCTGAGAAGCTAATCAATGTCAGATACTTGGAATCCCTGCTACATTACAAGTTCAATGATCCTTCTCTGCTTGTTGAAGCGCTGACTCACGGATCTTACATGCTACCTGAGATTCCACGATGCTATCAGCGCTTGGAATTTCTTGGAGATGCAGTGCTAGATTATGTTGTTACAGCACATCTCTATTTCAAGTATCCAGGACTGACTCCAGGACTAATTACTGATTTGAGGTCTGCCTCCGTAAACAATGAGTGTTATGCTCAGTCTGCAGTTAAGGCTGGCCTGCACAAGCACATTCTTCATGCCTCGCAAGATCTGCAGAGGCAAATACTTAGTACTGTTGAGGATTTCGAAAAATTGGATCTTCTGTCCATGTTTGGATGGGAGGCTGAAACTACTTTCCCAAAGGTGCTTGGAGATGTTATTGAATCCCTTGGTGGTGCAATCTTTGTTGATTCGGGCTTCAACAAAGACATTACATTTCAGAGCATACGACCTCTTTTGGAACCGTTGGTTACTCCTCAGACAGTAAAGCTCCAACCAGTAAGAGAGTTAAGTGAACTATGTGACCAGAAAGGTTATATAAAGAAGAAGGACGTCATCTCTCGTGAGAATGGTTTAGCATATATTACAGTAGAGGTTGAAGCAAATGGTGTTATTCACAAGAGCACGTGCTCGGGACGAGACAAAATAATGGCCAAGAAGGTGGCTAGCAAAAATGTCCTCAAGTCTCTGAAAGAATGTCCTTCCAATGCTTAGGAGTTGTTACTTTTCTGCTACTTCAGTTAACGAAATTCCTACAAATCCTTAATATTTTAAGGATCATTTTTGTTGTTTGATTGCTTCTCTTATTAGAACTGTTTGGATGTGCCTTCCATTGTATTTTGGTTGCTATTTCAATT

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translated polypeptide sequence

Related features

Features that derive from this mRNA

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polypeptide	Solyc06g048960.2.1	SL2.50ch06:32061514..32072823	1,400	-	n/a

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Features this mRNA is a part of

Type	Name	Location	Length	Strand	Phase
gene	Solyc06g048960.2	SL2.50ch06:32061372..32073856	12,485	-	n/a

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Features that are parts of this mRNA

Type	Name	Location	Length	Strand	Phase
exon	exon:Solyc06g048960.2.1.1	SL2.50ch06:32073786..32073856	71	-	n/a
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Tomato locus SlDCL2a (Dicer-like 2a)

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