SchemaSpy Analysis of cxgn.sgn - Columns |
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| Generated by SchemaSpy on Wed May 20 01:50 EDT 2009 |
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cxgn.sgn contains 671 columns:
| Column | Table | Type | Size | Nulls | Auto | Default | Children | Parents | Comments | ||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| abstract | deprecated_maps | text | 2147483647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| abstract | map | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| accession | library | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| accession_id | accession | serial | 10 | √ | nextval('accession_accession_id_seq'::regclass) |
|
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| accession_id | accession_names | int8 | 19 | √ | null |
|
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| accession_id | pcr_exp_accession | int8 | 19 | √ | null |
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| accession_id | pcr_experiment | varchar | 7 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| accession_name | accession_names | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| accession_name_id | accession | int8 | 19 | √ | null |
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| accession_name_id | accession_names | bigserial | 19 | √ | nextval('accession_names_accession_name_id_seq'::regclass) |
|
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| additional_enzymes | pcr_experiment | varchar | 1023 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| alias | marker_alias | text | 2147483647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| alias_id | marker_alias | serial | 10 | √ | nextval('marker_alias_alias_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| align_length | rflp_unigene_associations | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| alignment_seq | family_member | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ancestor | map | int4 | 10 | √ | null |
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| ann_high | ssr | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ann_low | ssr | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| annealing_temp | pcr_experiment | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| annotation_target_id | manual_annotations | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| annotation_target_type_id | annotation_target_type | bigserial | 19 | √ | nextval('annotation_target_type_annotation_target_type_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| annotation_target_type_id | manual_annotations | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| annotation_text | manual_annotations | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| annotation_text_fulltext | manual_annotations | tsvector | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| apply_end | blast_hits | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| apply_id | blast_annotations | int4 | 10 | √ | null |
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| apply_start | blast_hits | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| apply_type | blast_annotations | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| arm | fish_chromatin_density_constants | varchar | 1 | 'E'::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| arm_eu_length | fish_karyotype_constants | numeric | 5,2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| arm_het_length | fish_karyotype_constants | numeric | 5,2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| arm_length | fish_karyotype_constants | numeric | 5,2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| at_evalue | cos_markers | varchar | 25 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| at_identities | cos_markers | numeric | 11,3 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| at_match | cos_markers | varchar | 25 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| at_position | cos_markers | numeric | 11,7 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| attribution_display | facility | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| attribution_id | fish_result | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| attribution_id | seqread | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| author_id | authors | serial | 10 | √ | nextval('authors_author_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| author_id | manual_annotations | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| authors | library | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| bac_id | cos_markers | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| band_size | pcr_product | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| basecaller | est | varchar | 40 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| basecaller | qc_report | varchar | 40 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| batch_id | seqread | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| begin | cds | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| best_gb_prot_hit | cos_markers | varchar | 25 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| blast_annotation_id | blast_annotations | serial | 10 | √ | nextval('blast_annotations_blast_annotation_id_seq'::regclass) |
|
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| blast_annotation_id | blast_hits | int4 | 10 | √ | null |
|
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| blast_db_group_id | blast_db | int4 | 10 | √ | null |
|
blast_db_group this belongs to, for displaying on web | ||||||||||||||||||||||||||||||
| blast_db_group_id | blast_db_group | serial | 10 | √ | nextval('blast_db_group_blast_db_group_id_seq'::regclass) |
|
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| blast_db_id | blast_db | serial | 10 | √ | nextval('blast_db_blast_db_id_seq'::regclass) |
|
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| blast_db_id | unigene_build | int4 | 10 | √ | null |
|
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| blast_hit_id | blast_hits | serial | 10 | √ | nextval('blast_hits_blast_hit_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| blast_program | blast_targets | varchar | 7 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| blast_target_id | blast_annotations | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| blast_target_id | blast_defline | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| blast_target_id | blast_targets | serial | 10 | √ | nextval('blast_targets_blast_target_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| build_date | family_build | timestamp | 29,6 | ('now'::text)::timestamp(6) with time zone | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| build_date | unigene_build | date | 13 | √ | now() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| build_nr | family_build | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| build_nr | unigene_build | int4 | 10 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| call_positions | est | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cds_id | cds | bigserial | 19 | √ | nextval('cds_cds_id_seq'::regclass) |
|
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| cds_id | domain_match | int8 | 19 | √ | null |
|
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| cds_id | family_member | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cds_seq | cds | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| censor_id | manual_censor_reasons | serial | 10 | √ | nextval('manual_censor_reasons_censor_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| censor_id | seqread | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| chemistry | facility | varchar | 40 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| chip_name | microarray | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| chr_n_gnmc | organism | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromo_arm | fish_karyotype_constants | text | 2147483647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromo_arm | fish_result | varchar | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromo_arm | fish_result_composite | varchar | 1 | 'P'::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromo_arm_ratio | fish_karyotype_constants_old | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromo_length | fish_karyotype_constants_old | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| chromo_num | fish_karyotype_constants | int2 | 5 |
|
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| chromo_num | fish_karyotype_constants_old | int2 | 5 | (0)::smallint |
|
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| chromo_num | fish_result | int2 | 5 |
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| chromo_num | fish_result_composite | int2 | 5 | (0)::smallint |
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| clone_group_id | clone | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| clone_id | clone | serial | 10 | √ | nextval('clone_clone_id_seq'::regclass) |
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| clone_id | ests_mapped_by_clone | int8 | 19 | √ | null |
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| clone_id | fish_result | int8 | 19 |
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| clone_id | fish_result_composite | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| clone_id | microarray | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| clone_id | seqread | int4 | 10 | √ | null |
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| clone_name | clone | varchar | 50 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| clone_name | rflp_markers | varchar | 16 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cloning_host | library | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cloning_kit | library | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cloning_vector_id | cloning_vector | serial | 10 | √ | nextval('cloning_vector_cloning_vector_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cluster_no | unigene | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | cos_markers | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | groups | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | tm_markers | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | tm_markers_sequences | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | trim_feature_types | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | types | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comment | unigene_build | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| comments | library | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| common_name | accession | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| common_name | common_name | varchar | 255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| common_name_id | common_name | bigserial | 19 | √ | nextval('common_name_common_name_id_seq'::regclass) |
|
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| common_name_id | organism | int8 | 19 |
|
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| common_name_id | organismprop | int4 | 10 |
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| confidence | deprecated_marker_locations | int8 | 19 | (0)::bigint |
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| confidence_id | deprecated_marker_confidences | serial | 10 | √ | nextval('deprecated_marker_confidences_confidence_id_seq'::regclass) |
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| confidence_id | marker_confidence | serial | 10 | √ | nextval('marker_confidence_confidence_id_seq'::regclass) |
|
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| confidence_id | marker_location | int4 | 10 |
|
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| confidence_id | marker_to_map | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| confidence_name | deprecated_marker_confidences | varchar | 16 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| confidence_name | marker_confidence | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| confirm_code | submit_user | varchar | 16 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| consensi_id | unigene | int4 | 10 | √ | null |
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| consensi_id | unigene_consensi | serial | 10 | √ | nextval('unigene_consensi_consensi_id_seq'::regclass) |
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| contact_information | library | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| contact_information | submit_user | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| content_specific_tag | microarray | varchar | 40 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| contig_no | unigene | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| copies | cosii_ortholog | varchar | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cos_id | cos_markers | varchar | 10 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| cos_marker_id | cos_markers | serial | 10 | √ | nextval('cos_markers_cos_marker_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cosii_unigene_id | cosii_ortholog | bigserial | 19 | √ | nextval('cosii_ortholog_cosii_unigene_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| create_date | library | timestamptz | 35,6 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| create_date | metadata | timestamptz | 35,6 | √ | now() | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| create_person_id | metadata | int4 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cultivar | library | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| current_tc_id | tigrtc_tracking | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| current_version | map_version | bool | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| current_version | marker_to_map | bool | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| cutting_site | rflp_markers | varchar | 32 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| database_name | cosii_ortholog | varchar | 11 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| database_name | family_member | varchar | 20 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| database_name | unigene | varchar | 2147483647 | 'SGN'::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| date | est | date | 13 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| date | seqread | timestamp | 29,6 | ('now'::text)::timestamp(6) with time zone | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| date_entered | manual_annotations | date | 13 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| date_loaded | map_version | date | 13 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| db_name | blast_targets | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| db_path | blast_targets | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| dbxref_id | domain | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| dbxref_id | est_dbxref | int4 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| default_threshold | deprecated_maps | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| default_threshold | map_version | int4 | 10 | √ | null |
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| defline | blast_defline | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| defline_fulltext | blast_defline | tsvector | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| defline_id | blast_defline | serial | 10 | √ | nextval('blast_defline_defline_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| defline_id | blast_hits | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| density | fish_chromatin_density_constants | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| deprecated_by | deprecated_maps | int8 | 19 | √ | (0)::bigint | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| derived_from_source_id | derived_from_source | serial | 10 | √ | nextval('derived_from_source_derived_from_source_id_seq'::regclass) |
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| derived_from_source_id | marker_derived_from | int4 | 10 | √ | null |
|
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| description | blast_db | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description | cos_markers | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description | deprecated_marker_types | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description | domain | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description | experiment_type | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description | go | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description | interpro | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description_fulltext | domain | tsvector | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description_fulltext | go | tsvector | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| description_fulltext | interpro | tsvector | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| development_stage | library | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| dir | unigene_member | bpchar | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| direction | seqread | bpchar | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| disabled | submit_user | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| domain_accession | domain | varchar | 20 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| domain_id | domain | bigserial | 19 | √ | nextval('domain_domain_id_seq'::regclass) |
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| domain_id | domain_match | int8 | 19 | √ | null |
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| domain_match_id | domain_match | bigserial | 19 | √ | nextval('domain_match_domain_match_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| drug_resistance | rflp_markers | varchar | 16 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| dummy_field | marker | bool | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| e_val | rflp_unigene_associations | float8 | 17,17 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| e_value | domain_match | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| e_value | primer_unigene_match | float8 | 17,17 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| e_value | ssr_primer_unigene_matches | varchar | 32 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| edited_sequence_id | cosii_ortholog | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| email_address | submit_user | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| embc_id | ests_mapped_by_clone | serial | 10 | √ | nextval('ests_mapped_by_clone_embc_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| end | cds | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| end | trim_feature | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| end_primer | ssr | varchar | 100 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| entropy | qc_report | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| enzyme_id | enzyme_restriction_sites | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| enzyme_id | enzymes | serial | 10 | √ | nextval('enzymes_enzyme_id_seq'::regclass) |
|
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| enzyme_id | pcr_product | int8 | 19 | √ | null |
|
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| enzyme_name | enzymes | varchar | 32 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| enzyme_restriction_sites_id | enzyme_restriction_sites | serial | 10 | √ | nextval('enzyme_restriction_sites_enzyme_restriction_sites_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_attribution_tqmc | organism | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_clone_id | p_markers | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_dbxref_id | est_dbxref | serial | 10 | √ | nextval('sgn.est_dbxref_est_dbxref_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_id | est | serial | 10 | √ | nextval('est_est_id_seq'::regclass) |
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| est_id | est_dbxref | int4 | 10 |
|
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| est_id | qc_report | int4 | 10 | 0 |
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| est_id | trim_feature | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_id | unigene_member | int4 | 10 | √ | null |
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| est_read_id | cos_markers | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_read_id | ssr | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| est_read_id | tm_markers | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| evalue | blast_hits | float8 | 17,17 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| expected_error | qc_report | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| experiment_group | fish_result | varchar | 12 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| experiment_group | fish_result_composite | varchar | 12 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| experiment_name | fish_result | varchar | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| experiment_name | fish_result_composite | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| experiment_type_id | experiment_type | bigserial | 19 | √ | nextval('experiment_type_experiment_type_id_seq'::regclass) |
|
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| experiment_type_id | pcr_experiment | int8 | 19 | √ | null |
|
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| facility_address | facility | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| facility_contact | facility | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| facility_id | facility | serial | 10 | √ | nextval('facility_facility_id_seq'::regclass) |
|
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| facility_id | seqread | int4 | 10 | √ | null |
|
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| facility_moniker | facility | varchar | 20 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| facility_name | facility | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| facility_shortname | facility | varchar | 12 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| family_annotation | family | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| family_build_id | family | int8 | 19 | √ | null |
|
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| family_build_id | family_build | bigserial | 19 | √ | nextval('family_build_family_build_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| family_id | family | bigserial | 19 | √ | nextval('family_family_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| family_id | family_member | int8 | 19 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| family_id | family_tree | int4 | 10 |
|
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| family_member_id | family_member | bigserial | 19 | √ | nextval('family_member_family_member_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| family_nr | family | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| family_tax | organism | int4 | 10 | √ | null |
|
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| family_tree_id | family_tree | serial | 10 | √ | nextval('family_tree_family_tree_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| fasta_sequence | rflp_sequences | text | 2147483647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| feature_id | trim_feature | serial | 10 | √ | nextval('trim_feature_feature_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| file_base | blast_db | varchar | 120 | the basename of the blast db files, relative to the root of the databases repository. A blast DB is usually composed of 3 files, all with a given basename, and with the extensions .[pn]in, .[pn]sq, and .[pn]hr. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| filename | fish_file | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| filename | fish_image | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| fish_experimenter_id | fish_experimenter | serial | 10 | √ | nextval('fish_experimenter_fish_experimenter_id_seq'::regclass) |
|
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| fish_experimenter_id | fish_karyotype_constants | int4 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| fish_experimenter_id | fish_result | int4 | 10 |
|
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| fish_experimenter_id | fish_result_composite | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| fish_experimenter_name | fish_experimenter | varchar | 20 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| fish_file_id | fish_file | bigserial | 19 | √ | nextval('fish_file_fish_file_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| fish_image_id | fish_image | int4 | 10 | 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| fish_result_id | fish_file | int8 | 19 | (0)::bigint |
|
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| fish_result_id | fish_result | bigserial | 19 | √ | nextval('fish_result_fish_result_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
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| marker_location_id | deprecated_marker_locations | serial | 10 | √ | nextval('deprecated_marker_locations_marker_location_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| modified_date | metadata | timestamptz | 35,6 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| order_in_loc | deprecated_marker_locations | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| organism_id | deprecated_map_cross | int8 | 19 | (0)::bigint |
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| organism_id | library | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| organism_id | organism | serial | 10 | √ | nextval('organism_organism_id_seq'::regclass) |
|
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| organism_name | organism | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| organismprop_id | organismprop | serial | 10 | √ | nextval('organismprop_organismprop_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| organization | submit_user | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| p_mrkr_name | p_markers | varchar | 32 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
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| parent_1 | marker_to_map | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
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| password | submit_user | varchar | 20 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| pcr_exp_accession_id | pcr_exp_accession | bigserial | 19 | √ | nextval('pcr_exp_accession_pcr_exp_accession_id_seq'::regclass) |
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| pcr_exp_accession_id | pcr_product | int8 | 19 | √ | null |
|
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|
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| pcr_experiment_id | pcr_exp_accession | int8 | 19 | √ | null |
|
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| pcr_experiment_id | pcr_experiment | bigserial | 19 | √ | nextval('pcr_experiment_pcr_experiment_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| pcr_product_id | pcr_product | bigserial | 19 | √ | nextval('pcr_product_pcr_product_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| pcr_product_ln | ssr | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| percent_from_centromere | fish_result_composite | float4 | 8,8 | (0)::real | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| pid | blast_annotations | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| pid | p_markers | serial | 10 | √ | nextval('p_markers_pid_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| preferred | marker_alias | bool | 1 | √ | true | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| primer_direction | ssr_primer_unigene_matches | int2 | 5 | (0)::smallint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
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|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| primer_match_end | primer_unigene_match | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| primer_match_end | ssr_primer_unigene_matches | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| primer_match_start | primer_unigene_match | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| primer_match_start | ssr_primer_unigene_matches | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| primer_type | pcr_experiment | varchar | 4 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| primer_unigene_match_id | primer_unigene_match | serial | 10 | √ | nextval('primer_unigene_match_primer_unigene_match_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| protein_feature_id | cds | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| protocol | marker_to_map | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| qend | unigene_member | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| qstart | unigene_member | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| quality_trim_threshold | qc_report | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| query_end | rflp_unigene_associations | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| query_start | rflp_unigene_associations | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| read_id | seqread | serial | 10 | √ | nextval('seqread_read_id_seq'::regclass) |
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| restriction_site | enzyme_restriction_sites | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| rflp_name | rflp_markers | varchar | 64 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| rflp_seq_id | rflp_unigene_associations | int8 | 19 | √ | null |
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| seq_id | rflp_sequences | serial | 10 | √ | nextval('rflp_sequences_seq_id_seq'::regclass) |
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| seq_id | tm_markers | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| sequence | tm_markers_sequences | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| sequence_id | sequence | bigserial | 19 | √ | nextval('sequence_sequence_id_seq'::regclass) |
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| sequence_name | cosii_ortholog | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| sequence_name | family_member | varchar | 50 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| sequencing_primers | facility | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| short_arm_eu_length | fish_karyotype_constants_old | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| short_arm_het_length | fish_karyotype_constants_old | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| short_arm_length | fish_karyotype_constants_old | float4 | 8,8 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| short_name | deprecated_maps | varchar | 50 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| short_name | map | text | 2147483647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| sn_alias | il_info | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| source_name | derived_from_source | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
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| ssr_id | ssr | serial | 10 | √ | nextval('ssr_ssr_id_seq'::regclass) |
|
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|
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| ssr_id | ssr_repeats | int8 | 19 | (0)::bigint |
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| ssr_name | ssr | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| start | trim_feature | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| start | unigene_member | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| start_primer | ssr | varchar | 100 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
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| submit_code | submit_user | varchar | 6 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| submit_user_id | library | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| submit_user_id | submit_user | serial | 10 | √ | nextval('submit_user_submit_user_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| submitter_id | seqread | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| subscript | marker_location | bpchar | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| subscript | marker_to_map | bpchar | 1 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| superseding_build_id | unigene_build | int4 | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| table_name | annotation_target_type | varchar | 250 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| tax_id | taxonomy | serial | 10 | √ | nextval('sgn.taxonomy_tax_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| tax_name | taxonomy | varchar | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| tax_type | taxonomy | varchar | 50 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| tcc_id | temp_caps_correspondence | serial | 10 | √ | nextval('temp_caps_correspondence_tcc_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tcindex_id | tigrtc_index | serial | 10 | √ | nextval('tigrtc_index_tcindex_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tcindex_id | tigrtc_membership | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tcindex_id | tigrtc_tracking | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tigrtc_membership_id | tigrtc_membership | serial | 10 | √ | nextval('tigrtc_membership_tigrtc_membership_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tigrtc_tracking_id | tigrtc_tracking | serial | 10 | √ | nextval('tigrtc_tracking_tigrtc_tracking_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tissue | library | varchar | 255 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| tm_end_primer | ssr | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tm_id | tm_markers | serial | 10 | √ | nextval('tm_markers_tm_id_seq'::regclass) |
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||
| tm_id | tm_markers_sequences | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| tm_name | tm_markers | varchar | 32 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| tm_start_primer | ssr | varchar | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tmc_id | temp_map_correspondence | serial | 10 | √ | nextval('temp_map_correspondence_tmc_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
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|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| tomato_copy_number | cos_markers | varchar | 11 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| trace_location | seqread | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| trace_name | seqread | varchar | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| treatment_conditions | library | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tree_file_location | family | varchar | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tree_log_file_location | family | varchar | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tree_nr | family_tree | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tree_overlap_length | family | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| tree_taxa_number | family | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| trim_type_id | trim_feature_types | serial | 10 | √ | nextval('trim_feature_types_trim_type_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| type | blast_db | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| type | groups | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| type | library | int8 | 19 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| type | trim_feature | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| type_code | loc_types | varchar | 10 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| type_description | annotation_target_type | varchar | 250 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| type_id | organismprop | int4 | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| type_id | types | serial | 10 | √ | nextval('types_type_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| type_name | annotation_target_type | varchar | 25 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| type_name | loc_types | varchar | 12 | ''::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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| unigene_build_id | unigene | int4 | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_build_id | unigene_build | serial | 10 | √ | nextval('unigene_build_unigene_build_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
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|
|||||||||||||||||||||||||||||||
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|
|||||||||||||||||||||||||||||||||
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|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_id | ssr_primer_unigene_matches | int8 | 19 | (0)::bigint |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_id | unigene | serial | 10 | √ | nextval('unigene_unigene_id_seq'::regclass) |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_id | unigene_member | int4 | 10 | 0 |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_match_end | primer_unigene_match | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| unigene_match_start | primer_unigene_match | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_match_start | ssr_primer_unigene_matches | int8 | 19 | (0)::bigint | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| unigene_member_id | unigene_member | serial | 10 | √ | nextval('unigene_member_unigene_member_id_seq'::regclass) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| units | map | text | 2147483647 | √ | 'cM'::text | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| update_freq | blast_db | varchar | 80 | 'monthly'::character varying | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| username | submit_user | varchar | 20 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| value | misc | bytea | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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| vector | library | varchar | 80 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| vector | rflp_markers | varchar | 32 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| vector_tokens | qc_report | text | 2147483647 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| version | est | int4 | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| version | microarray | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| vs_status | qc_report | int8 | 19 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| web_interface_visible | blast_db | bool | 1 | √ | false | whether this blast DB is available for BLASTing via web interfaces |